GENOME INTEGRITY

Výzkumné zaměření

• Dešifrování vnitřních funkcí homologní rekombinace (HR), která má dvojí roli při udržování stability genomu. Za prvé, podporuje věrnou opravu dvouřetězcových zlomů DNA, které patří mezi nejsmrtelnější formy poškození DNA. Kromě toho je HR vyžadována také pro stabilizaci zastavených replikačních vidlic, podporující jejich obrácení, ochranu a restart, aby bylo zajištěno dokončení replikace a zajištění údržby genomu. Neschopnost provádět a regulovat rekombinaci je spojena s lidskou neplodností, potraty a genetickými chorobami, zejména rakovinou, což dále zdůrazňuje důležitost lepšího mechanického pochopení této cesty.
• Detailní studium nukleáz, které jsou nedílnou součástí mnoha drah oprav DNA a jejich inaktivace vede ke genomové nestabilitě a rakovině.
• Různé metody z biochemie, strukturní biologie, molekulární biologie, genetiky a biofyziky.
• Detailní studium vlastností a aktivit protein, včetně jejich interakcí s jinými molekulami, jako je DNA, inhibitory malých molekul.

Hlavní cíle

• Charakterizace mechanismu a regulace homologní rekombinace a její vnitřní role při udržování stability genomu.
• Mechanické porozumění působení HR kofaktorů a jejich vlivu na integritu genomu a kancerogenezi.
• Vývoj silných a selektivních inhibitorů nukleáz pro možné terapeutické použití.

Technologické vybavení

• Atomic Force Microscopy – výkonná mikroskopická technologie pro studium vzorků v nanoměřítku poskytující obraz v trojrozměrné topografii a také různé typy povrchových měření.
• DeltaVision Elite Microscopy System – plně integrovaná platforma fluorescenční mikroskopie s vysokým rozlišením optimalizovaná pro zobrazování živých buněk při slabém osvětlení a obecné aplikace fluorescenčního zobrazování.
• Surface Plasmon Resonance – detekce interakce mezi biomolekulami v reálném čase s podrobnými informacemi o rychlosti asociace, rychlosti disociace a afinitě.