Návrh enzymů pomocí moderních výpočetních metod teoreticky i prakticky aneb 6th Hands-on Computational Enzyme Design Course je za námi

Od 2. do 5. června 2025 proběhl šestý ročník praktického kurzu zaměřeného na výpočetní návrh enzymů. Opět do města Brna přilákal odborníky z celého světa, lektoři předali nejen teoretické znalosti o nástrojích pro proteinové inženýrství, ale poskytli také příležitost vyzkoušet si praktické aplikace.

Letní 6th Hands-on Computational Enzyme Design Course byl určený především inženýrům, vědcům a technikům, kteří pracují s proteiny a enzymy, ale zatím nemají zkušenosti s jejich počítačovým modelováním, případně si chtějí rozšířit své dovednosti. Pod vedením zkušených vědců z Loschmidtových laboratoří (Přírodovědecká fakulta MU a Mezinárodní centrum klinického výzkumu ICRC) se studenti učili, jak používat různé výpočetní nástroje zaměřené na různé aspekty inženýrství enzymů a jak správně získané výsledky interpretovat.

Kurz pokrýval čtyři hlavní témata, a to analýza nových enzymů, inženýrství stability a rozpustnosti proteinů, inženýrství aktivity a specificity enzymů a strojové učení aplikované na inženýrství proteinů. Lektoři 6th Hands-on Computational Enzyme Design Course jsou sami autory a vývojáři některých používaných nástrojů, například AggreProt. Používané webové nástroje kombinují více samostatných softwarů a umožňují automatický přístup k více než 50 výpočetním metodám a 15 databázím. Participanti měli možnost nástroje použít také pro své vlastní projekty, sdílet nápady a rozšiřovat svou profesní síť o nové odborníky.

Lektoři v rámci letošního ročníku kurzu proškolili 38 účastníků ze 17 zemí a 3 kontinentů, tři čtvrtiny byly z akademické sféry, zbylá čtvrtina pak z průmyslového odvětví.

Sérgio Marques

„Místa byla obsazená krátce po spuštění registrace,“ uvedl hlavní organizátor kurzu Sérgio Marques, který se v rámci Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity, Mezinárodního centra klinického výzkumu (ICRC) a centra CLARA zaměřuje na výpočetní modelování enzymatických systémů s cílem zlepšit jejich aktivitu a stabilitu pro biotechnologické aplikace. „Zpětná vazba byla následně velmi pozitivní, za to jsme moc rádi. Příští ročník plánujeme v online režimu od 9. do 12. února,“ doplňuje. „Abychom podpořili i vzdělávání znevýhodněných studentů, poskytujeme několik stipendií, které plně pokryjí veškeré poplatky za kurz,“ dodává Sérgio Marques.

Uskutečnění letošního kurzu bylo možné také díky podpoře mezinárodního centra CLARA, které se zaměřuje na vývoj nové generace nástrojů umělé inteligence a strojového učení zaměřených na výzkum příčin neurodegenerativních onemocnění.